هناك العديد من الآثار الجانبية المصاحبة او المترتبة على المعالجة بالميزثيرابي التي يجب التنويه عنها و التحذير من احتمال حدوثها :-
الاحساس بالألم :
وهذا أمر متوقع تماما ًبالرغم من استخدام إبر صغيرة و دقيقة مع زيادة سرعة و معدل الحقن في محاولة لتخفيف هذا الألم ، حيث إن عملية الاحساس بالألم عند الأشخاص تعتمد على عدة عوامل منها حدود الألم الشخصية و درجة حساسية المنطقة المعالجة ومواصفات الإبر و المواد المستخدمة .
التورم و الانتفاخ :
قد يحدث هذا في مواضع دخول الإبر في الجلد و حولها ، وقد يستمر يوماً او يومين على الأكثر، وقد يكون مصحوباً بحكة خفيفة .
الكدمات :
وهذه عادة ما تتبع عملية الحقن بالإبر نتيجة جرح بعض الأوعية الدموية في المنطقة المعالجة، وتظهر على شكل إحمرار أو إزرقاق في الجلد، و عندما تكون الاوعية المصابة كبيرة نسبياً قد يؤدي ذلك الى تكوين تجمع دموي تحت الجلد .
التفاعلات التحسسية :
وهذه قد تكون عاجلة و فورية أو تحدث في مرحلة متأخرة، و عادة ما تنتج كردة فعل تحسسي لبعض المواد او الادوية المستخدمة في العلاج ، وقد تظهر على شكل طفح جلدي جزئي او عام .
العدوى والالتهابات الميكروبية :
وهذه من أكثر المضاعفات المترتبة على العلاج، وقد ترجع في كثير من الأحيان الى سوء إجراءات التعقيم المتبعه .
الضمور:
قد يتبع إلتئام التقرحات الناتجة في مواضع الحقن .
تضرر الكبد :
هذا احتمال نادر الحدوث إلا في حالات استثنائية يتم فيها استخدام مواد ضارة جداً