هناك اسباب عديدة لتشوهات الوجه و الفكين و لكن يمكن تقـسيمها بصفة عامة إلى ثلاثة مجمــــــوعات رئيسية و هى إما خّلقية أو نشأية (نمائية) أو مُكتسبة:

 1- الأسباب الخلقية: و هى التشوهات التى تحدث أثناء فترة نمو الجنين داخل الرحم، و من أسبابها وجود الجنين فى وضع غير سليم مما يتسبب فى الضغط الزائد على عظام الوجه و الفكين أثناء فترة النمو و التشكيل، و كذلك عن طريق إنتقال الجينات الوراثية التى تحمل الصفات المختلة إلى الأبناء، أو إختلال أو طفرات فى الجينات السليمة بسبب إصابة الأم ببعض الأمراض المعدية و الحمى الشديدة، أو إستعمال بعض الأدوية الضارة بالجنين، و كذلك التعرض للإشعاعات المختلفة أثناء فترة الحمل .

2- الأسباب النشأية أو النمائية: و هى الحـــــالات التى تحدث أثناء فترة الطفـــولة و تبدأ من بعد الولادة مباشرةً و حتى سن البلوغ، و يتسبب فيها فى الغالب أشياء مشابهة للتى تحدث أثناء فترة الحمل و لكنها هنا تصيب الطفل نفسه مثل إختلال أو طفرات فى الجينات السليمة بسبب الإصابة ببعض الأمراض المعدية و الحمى الشديدة، و كذلك التعرض للإشعاعات المختلفة،كما تحدث أيضاً نتيجةً لإنتقال الجينات الوراثية التى تحمل الصفات المختلة إلى الأبناء و التى لا تظهر إلا فى فترة الطفولة.

 3- الأسباب المكتسبة: و هى التى تحدث فى أى سن إما نتيجةً للحوادث و الإصابات المختلفة و الكسور الشديدة التى تصيب عظام الوجه و الفكين و تلتأم بشكل غير صحيح أو المصحوبة بفقدان جزء من تلك العظام أو تلك التى تصيب مراكز النمو لعظام الفكين أثناء فترة النمو، أما السبب الآخر فهو نتيجة للإصابة بالأمراض المختلفة و منها الأورام الخبييثة و بعض الأورام الحميدة التى يستلزم معها إستئصال جزء من تلك العظام أثناء العلاج الجراحى لتلك الأورام، و كذلك أمراض إلتهابات و تآكل المفاصل و التى قد تصيب المفصل الصدغى للفك السفلى.